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根据权威信息综合分析，南充最好的大学为 西华师范大学，其次是 川北医学院。具体信息如下：
西华师范大学 - 综合排名：
2025年南充市大学排名第一，全国第247名。 - 办学资质：四川省属重点大学，全国首批学士、硕士学位授权单位，四川省“双一流”建设高校。 - 学科优势：覆盖文、理、工、经、管、法等多学科，工程学、化学等学科进入全球ESI排名。 - 历史沿革：前身为1946年成立的四川师范学院，2003年更名。
川北医学院 - 综合排名：
2025年南充市大学排名第二。 - 办学资质：四川省属重点医学类高校，临床医学专业全球ESI排名前1%。 - 学科特色：以医学为主体，融合理学、工学、管理学等多学科，拥有顺庆、高坪两个校区。
其他高校 
- 西南交通大学希望学院：
民办本科高校，依托西南交通大学资源，2025年排名第三。 - 南充职业技术学院：高职专科类院校，在高职教育领域表现突出。
总结：西华师范大学凭借综合实力和学科建设成为南充最佳大学，川北医学院在医学领域表现卓越，两者共同构成南充高等教育核心力量。
